Mikrobiyolojik tehlikelerden kaynaklanan riskler insan sağlığı için acil ve ciddi bir tehlike teşkil etmektedir. Mikrobiyolojik risk analizi 3 bölümden oluşan bir süreçtir: Risk Değerlendirmesi, Risk Yönetimi ve Risk İletişimi, bunların hepsi insan sağlığını korumayı amaç edinmektedir.

Mikrobiyolojik Risk Değerlendirme süreci risk tahmininde mümkün olan en büyük boyuttaki nicel bilgiyi içermelidir. Mikrobiyolojik Risk Değerlendirmesi henüz gelişmekte olan bir bilimdir. Özellikle gelişmekte olan ülkeler de özel eğitimlerle ve kılavuzlarla desteklenmelidir.

Kapsamlı ve sistematik Risk Değerlendirme süreci için belirli etkileşimlere ihtiyaç vardır. Bunlar tehlikelerin ve risk değerlendirme politika kararlarının sıralanmasını da içerebilir. Risk Yönetim Konuları, Risk Değerlendirmesinde dikkate alındığı yerlerde karar verme süreci açık olmalıdır. Sürecin açık ve önyargısız olması önemlidir, değerlendirenin ya da müdürün kim olduğu değil.

Uygulanabilir olduğunda, ilgili taraflar tarafından katkı sağlanacak bir Risk Değerlenme süreci sağlamak için çaba gösterilmelidir. Risk Değerlendirme sürecindeki ilgili tarafların katkıları Risk Değerlendirmesinin açıklığını geliştirebilir, ek uzmanlık ve bilgiler yoluyla Risk Değerlendirmelerinin kalitesini artırabilir, ve inanılırlığı arttırarak ve Risk Değerlendirmesinin sonuçlarını kabul etmekle risk iletişimini  faaliyete geçirir.

Bilimsel kanıt sınırlı, eksik ya da anlaşılması güç olabilir. Böyle durumlarda, Risk Değerlendirme sürecinin nasıl tamamlanacağı konusunda açık kararlar verilmek zorunda kalınacaktır. Bir Risk Değerlendirmesi yapılırken yüksek kalitedeki bilgiler kullanılmasının önemi belirsizliği azaltmalı ve Risk Tahmininin güvenilirliğini arttırmalıdır. Nitel bilgi kullanımı olabildiğince desteklenmeli fakat nitel bilginin değeri ve yararı indirgenmemelidir.

Yeterli kaynakların her zaman mevcut olmayacağı ve sınırlamaların Risk Tahmininin kalitesini etkileyecek Risk Değerlendirmesine empoze edilme olasılığı göz önünde bulundurulmalıdır. Böyle kaynak sınırlamaları olduğu yerlerde, bu sınırlamaların resmi kayıtlarda tanımlanması açıklık amaçları için önemlidir. Uygun olduğunda, bu kayıt Risk Değerlendirmesi üzerindeki kaynak sınırlamalarının etkisinin bir değerlendirmesini de içermelidir.  

Mikrobiyolojik Risk Değerlendirmesinin Genel Prensipleri

1. Mikrobiyolojik risk Değerlendirmesi bilime dayalı olmalıdır.
2. Risk Değerlendirmesi ve Risk Yönetimi arasında işlevsel bir ayrım olmalıdır.
3. Mikrobiyolojik Risk Değerlendirmesi Tehlike Belirlenmesini, Tehlikenin Tanımlanmasını, Maruz Kalma Değerlendirmesini ve Riskin Tanımlanmasını içeren yapılandırılmış bir yaklaşıma göre yapılmalıdır.
4. Mikrobiyolojik Risk Değerlendirmesi çıktı olacak Risk Tahmini formu da dahil bu uygulamanın amacını açık bir şekilde ifade etmelidir.
5. Mikrobiyolojik Risk Değerlendirmesinin yapılması şeffaf olmalıdır.
6. Tutar, kaynaklar yada süre gibi Risk Değerlendirmesi üzerinde etkisi olan bütün kısıtlamalar belirlenmeli ve bunların olası sonuçları tanımlanmalıdır.
7. Risk Tahmini belirsizliğin tanımını ve Risk Değerlendirme süreci sırasında nerede ortaya çıktığını içermelidir.
8. Veriler Risk Tahminindeki belirsizliklerin belirlenebildiği şekilde olmalı; veri ve veri toplama sistemleri , mümkün olduğu müddetçe, yeterli kalitede ve Risk Tahminindeki belirsizliğin en aza indirildiği netlikte olmalıdır.
9. Mikrobiyolojik Risk Değerlendirmesi, gıdalardaki mikrobiyolojik gelişme, hayatta kalma, ve ölümlerin dinamiklerini ve tüketimi müteakiben daha fazla yayılma için potansiyel de dahil insanlar ve madde arasındaki etkileşimin (bir hastalığı izleyen anormal durum da dahil) karışıklığını açık bir şekilde ele almalıdır.
10. Mümkün olduğu durumlarda, Risk Tahminleri bir süre sonra bağımsız insan hastalığı verileriyle karşılaştırılarak tekrar değerlendirilmelidir.
11. Mikrobiyolojik Risk Değerlendirmesinin ilgili yeni bilgilere ulaşıldıkça yeniden değerlendirilmesi gerekebilir.